カカオ豆はカカオポッド（殻）から取り出したうえで、収穫後6時間以内ポスト・ハーベスト・センターに運ばれます。発酵を左右するカカオパルプに含まれる糖分のチェックなどの品質検査を経て、自然発酵をスタートさせます。香りの良さを大切にする「60デイズ」のチョコレートにとって特に重要な工程です。発酵学に精通したピュラトスの技術者が適切な発酵プロセスをとることにより、香りの元になる成分

を醸成することができます。はじめにカカオ豆をアカシア材の木箱に入れ、麻袋で覆います。カカオ豆を覆う白いパルプ（果肉）には発酵に必要な微生物の働きを促す水分や糖、さまざまな酸が含まれます。パルプの糖分と木箱や空気中の酵母が反応し、アルコールと二酸化炭素を生み出します（アルコール発酵）。そして酵素のはたらきでパルプが分解され、空いたスペースに空気が入り込み酢酸発酵がスタートします。パルプが発酵によって分解されると、カカオ豆は発芽できなくなります。発酵を進める間、綿密に木箱の温度を確認したり、木箱のかき混ぜ具合を調整するなどして、最適で安定した発酵を促します。